Moin moin,
nun mal langsam, gründlich lesen, nachdenken und die technischen Zusammenhänge überdenken! 
Stellt doch nicht immer gleich das Todesurteil, sondern geht etwas analytischer vor. 
1. Der Schlepper ist von selbst aus gegangen.
2. Danach kochte der Kühler über, bei stehendem Motor.
3. Der Thermostat wurde gewechselt, weil der Motor dann noch rauchte (beim Probelauf? Ohne dass er wieder ausging?) wurden noch die Einspritzdüsen gewechselt, der Schlepper ist dann bei der Probefahrt wieder von selbst ausgegangen, angeblich mit einem "rasselnden Geräusch".
4. Dann tropfte Öl aus dem Auspuff.
Da steht nirgends auch nur ein Detail, das für mich zwangsläufig auf eine defekte Zylinderkopfdichtung hinweist! 
Zu 1.
Wie ist er ausgegangen? Schlagartig? Oder reduzierte sich die Drehzahl langsam? Hat er dabei noch auf Gaspedalbefehle reagiert? Bist du dir sicher, dass es nicht an Spritmangel lag?
Zu 2.
Wenn der Motor gut warm gefahren ist und womöglich sogar wirklich arbeiten musste, ist der Zylinderkopf wesentlich heißer als 100 °C. Das Kühlwasser sollte, da es sich dank Thermostat und Kühlerdeckel um ein Drucksystem handelt, lediglich um die 80 °C haben. Das Kühlwasser wird von der Wasserpumpe nur so lange im Kreis gepumpt, wie auch der Motor läuft, nur so lange kommt "frisch gekühltes" Wasser auch im Zylinderkopf an. Wird der Wasserkreislauf schlagartig gestoppt, erhitzt sich das Wasser im Zylinderkopf deutlich stärker.
In dem Moment kann auch ein Thermostat nichts mehr bewirken, der regelt nur den Kreislauf bei arbeitender Wasserpumpe.
Dass ein Kühler bei plötzlichem Motorstillstand überkocht, wenn das Kühlsystem im Sommer bei Arbeitsbelastung eh schon an seiner Grenze ist, kann vorkommen.
Jetzt gilt es erstmal herauszufinden, ob denn bspw der richtige Kühlerdeckel verbaut ist bzw. ob der Deckel denn dicht ist und der Soll-Druck aufgebaut wird.
Natürlich entsteht bei einem schleichenden Kolbenfresser mehr Wärme im Motorblock als normalerweise. Ebenso kann durch ein hängendes Thermostat der Motor heiß laufen, daraus ein Kolbenfresser entstehen und dann können die geschilderten Symptome auftauchen. Hätte der alte Thermostat in Stellung "zu" fest gehangen, hätte die Zylinderkopfdichtung höchstwahrscheinlich Schaden genommen, aber kochendes Wasser wäre nicht bis zum Kühler gekommen.
Zu 3.
Wie kamst du auf die Annahme mit dem hängenden Thermostat? Nur weil er überkochte?
Das rasselnde Geräusch, macht er das nicht immer beim Ausschalten, wenn die Drehzahl unter ein bestimmtes Niveau fällt?
Wer hat noch ein bisschen geraucht?
War die Probefahrt mit Steigungsstrecken verbunden, oder eine gemütliche Dorftour auf dem Flachland?
Zu 4.
War vorher kein Öl im Auspuff? Oder ist das ein Zufallsfund?
Wenn er aus geht, lässt sich der Motor dann noch mit dem Anlasser drehen? In gleicher Geschwindigkeit wie normal? Oder ist dann der Motor "fest"?
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MfG
Fabian